2019-04-02

xn trực tiếp & gián tiếp, nhuộm soi, nuôi cấy, phân lập, xác định, kháng sinh đồ


Tầm quan trọng của xét nghiệm vi sinh trên lâm sàng.

- kích thước vi sinh vật:
Virus: 0.003 - 0.05 um
Bacteria: 3 - 5 um

- vi khuẩn đã xuất hiện trên trái đất từ 3.5 tỷ năm trước, trong khi con người là 4 triệu năm
- một thế hệ của vi khuẩn là khoảng 20 phút, còn con người là 20 năm
                                                                                              
- 1674: Anton van Leeuwenhock, nhà sinh học Hà Lan, chế tạo kính hiển vi
-  1928: Flemings: Penicillin (sulfonamide-1935, streptomycin-1943)

@ Phân loại vi khuẩn và virus:
Phân loại cổ điển
+ Dựa vào hình thể
+ Dựa vào đặc điểm nuôi cấy
+ Dựa vào tính chất sinh vật hoá học, kháng nguyên
+ Dựa vào khả năng gây bệnh
Phân loại hiện đại
+ Cấu trúc, trình tự, đặc điểm di truyền

@ Phân loại ký sinh trùng:
1. ký sinh trùng thuộc giới động vật
1.1. đơn bào
- cử động bằng chân giả (Rhizopoda): amip
- cử động bằng roi (Flagellata): trùng roi (máu, tiêu hóa)
- cử động bằng lông (Ciliata): trùng lông
- không có bộ phận vận động: sinh sản bằng bào tử (trùng bào tử/bào tử trùng/ sporozoda)
+ Coccididae: Plasmodidae (KST SR), isospora
+ Sarcosporidae: Toxoplasma, Sarcosystis

1.2. đa bào (metazoaire)
- giun sán
+ giun tròn (Nematoda): đơn tính như giun đũa, tóc, móc, mỏ, kim, xoắn
+ sán lá (Trematoda)
Lưỡng giới: sán lá gan, sán lá ruột, sán lá phổi
Đơn giới: sán máng (sán máu)
+ sán dây (Cestoda): lưỡng tính (sán dây lợn, bò, ...)
- chân đốt/ chân khớp/ tiết túc (Arthropoda)
+ lớp côn trùng (Inseta)
+ lớp nhện (Archinida)
+ lớp giáp xác (Cyclop)
+ lớp cận chân đốt
+ lớp thân mềm (Mollusque)

2. Ký sinh trùng thuộc giới thực vật
- nấm đơn bào
- nấm đa bào

@ Vi sinh vật trong môi trường
1. vi sinh vật trong đát:
- kho chứa vi sinh vật
- điều kiện thuận lợi
- phân bố theo địa lý
- từ nguồn khác xâm nhập vào đất
- lây truyền
- Clostridia, Pseudomonas, Actinomycetes
2. vi sinh vật trong nước
- nhiều vi sinh vật
- điều kiện thuận lợi
- phân bố theo địa lý
-  từ nguồn khác (đất, nước, khác) xâm nhập
- lây truyền
- Salmonella, Shigella, Vibrio cholerae...
3. vi sinh vật trong không khí
- ít vi sinh vật
- điều kiện không thuận lợi
- từ nguồn khác (đất, nước, khác)
- lây truyền nhanh
- vi khuẩn lao, trực khuẩn bạch hầu, liên cầu tan máu nhóm A, tụ cầu vàng, virus cúm, virus sởi...

@ vi sinh vật ký sinh trong cơ thể người
- người bình thường có 300 - 400 loài sinh vật, vi khuẩn chiếm đa số
- vị trí vi sinh vật ký sinh:
. da và niêm mạc
. trong đường tiêu hóa
. trên đường hô hấp
. trên đường sinh dục, tiết niệu
. trên niêm mạc mắt
. trong các mô, cơ quan

+ Trong đường tiêu hóa:
Dạ dày:
- pH rất thấp
- rất ít vi sinh vật tồn tại được ở đây
- Helicobacter pylori

+ vi sinh vật ở đường sinh dục, tiết niệu:
Bên ngoài:
Nam: Mycobacterium smegmatis, lỗ niệu đạo có tụ cầu, trực khuẩn Gram (-)
Nữ: tụ cầu, trực khuẩn giả bạch hầu, cầu khuẩn đường ruột, trực khuẩn E.coli và thường không có vi sinh vật gây bệnh.

+ vi sinh vật ở mắt: Tụ cầu, một số trực khuẩn

+ tuần hoàn, phủ tạng: Không có

@ Vai trò của vi sinh lâm sàng
1. phát hiện căn nguyên bệnh nhiễm trùng
- chẩn đoán
- điều trị
- phòng bệnh
2. kiểm soát nhiễm khuẩn
3. đào tạo
4. nghiên cứu khoa học

===============
Phương pháp chẩn đoán trực tiếp và gián tiếp xác định nhiễm vi sinh vật
+ trực tiếp:
- nhuộm soi
- nuôi cấy, phân lập: áp dụng với căn nguyên chưa xác định được
- tìm kháng nguyên, tìm gen đích: áp dụng đối với căn nguyên đang nghi ngờ
- xác định:
. tính chất sinh vật hóa học
. tính chất kháng nguyên
. ly giải
. gây bệnh thực nghiệm
. vật liệu di truyền, phân tử

+ gián tiếp:
- tìm kháng thể
- áp dụng:
. với các căn nguyên khó/không nuôi cấy được
. kiểm tra xem đã phơi nhiễm hay chưa
. kiểm tra đáp ứng điều trị
- các kỹ thuật miễn dịch:
. ngưng kết
. ELISA
. miễn dịch huỳnh quang
. miễn dịch phóng xạ ...

Có 2 giai đoạn trong khi tạo ra đáp ứng miễn dịch:
+ đáp ứng miễn dịch tiên phát: lần đầu tiên tiếp xúc với kháng nguyên
- đáp ứng chậm do ít tế bào B phản ứng với kháng nguyên
- vi sinh vật có thời gian gây bệnh
- tạo ra IgM và tế bào B ghi nhớ

+ đáp ứng miễn dịch thứ phát: lần sau khi tiếp xúc với kháng nguyên
- đáp ứng nhanh, mạnh hơn
- tế bào B ghi nhớ nhận ra kháng nguyên => phát triển, phân chia mạnh
- tạo ra nhiều tế bào sản xuất kháng thể

Công nghệ, kỹ thuật thường dùng:
- khuếch tán miễn dịch
- miễn dịch huỳnh quang
- miễn dịch gắn enzyme
- điện hóa phát quang

Các loại chỉ định xét nghiệm vi sinh
Thời gian trả kết quả
Chỉ định soi trực tiếp: Nhuộm, soi tươi
2 tiếng
Chỉ định nuôi cấy định danh: Nuôi cấy, xác định tính chất sinh hóa
2 – 5 ngày
Chỉ định xác định độ nhạy cảm với kháng sinh
2 – 5 ngày
Chỉ định Miễn dịch (Kháng nguyên/ kháng thể)
30 phút – 4 tiếng tùy loại
Chỉ định xác định gen kháng thuốc, định typ bằng kỹ thuật SHPT
4 – 8 tiếng tùy loại
.
Phương pháp
xác định
Nguyên lý / mục đích
Ý nghĩa
Quan sát đại thể
Quan sát bằng mắt thường khả năng mọc trên các môi trường khác nhau. Nhận xét kích thước, cách mọc và sắc tố của khuẩn lạc vi khuẩn.
Sơ bộ định hướng căn nguyên gây bệnh => lựa chọn khuẩn lạc nghi ngờ.
Quan sát vi thể (kính hiển vi)
Nhân xét kích thước, cách sắp xếp của tế bào vi khuẩn, quan sát các thể vùi nội bào, các cấu trúc phụ khác của tế bào.
Kết hợp với phương pháp nhuộm để phân loại căn nguyên => lựa chọn phương thức định danh
Nhuộm
Kiểm tra khả năng bắt màu với các thuốc nhuộm đặc hiệu. Phương pháp này thường phối hợp với phương pháp quan sát vi thể để phân loại vi khuẩn.
Kết hợp với quan sát vi thể
Điều kiện nuôi cấy
Xác định các điều kiện cần thiết giúp vi khuẩn mọc ví dụ như: điều kiện nhiệt độ, sự có mặt của oxy hoặc các khí khác, điều kiện pH, sự có mặt của các ion và muối…
Giúp định hướng phân biệt. Ví dụ: nghi ngờ căn nguyên mọc ở 28 oC => phải cấy ở 2 điều kiện song song (28 và 37 oC) để so sánh và kiểm chứng.
Điều kiện dinh dưỡng
Xác định khả năng của vi khuẩn sử dụng carbon và nitrogen làm nguồn dinh dưỡng giúp vi khuẩn mọc trong các điều kiện cụ thể.
Giúp xác định tính chất sinh vật hóa học
Khả năng đề kháng
Khả năng đề kháng của vi khuẩn với các kháng sinh cụ thể, với các kim loại nặng hoặc với độc tố
Xác định khả năng đề kháng tự nhiên, hoặc đề kháng mới. Giúp định hướng trong điều trị.
Đặc tính kháng nguyên
Sử dụng các phương pháp huyết thanh và miễn dịch học để xác định mối liên hệ giữa các nhóm vi khuẩn.
Định type
Đặc tính dưới tế bào
Sử dụng các phương pháp khác nhau để xác định các đặc điểm cấu trúc của tế bào vi khuẩn, ví dụ như xác định thành phần màng tế bào, vách tế bào, thành phần ezyme…
Xác định khả năng gây bệnh, cơ chế gây bệnh của vi khuẩn
Đặc tính phân tử
Sử dụng các phương pháp phân tử để xác định trình tự gene của vi khuẩn, định type, hoặc tìm tỉ lệ các Nu
Xác định nguồn gốc của chủng vi khuẩn mới.

.
.
.
.

===============
Xét nghiệm VS sử dụng kỹ thuật nhuộm - soi

Các kỹ thuật thu thập bệnh phẩm
Nguyên tắc chung:
- bệnh phẩm nuôi cấy phân lập: có vi sinh vật và vi khuẩn còn sống
- bệnh phẩm phát hiện thành phần vi sinh vật: có thành phần vi sinh vật

Kỹ thuật bảo quản, vận chuyển bệnh phẩm

1. Dịch não tủy:
Lấy 2 mẫu
Vi sinh vật ở dịch não tủy:
Trẻ < 2 tháng tuổi:
. Escherichia coli
. các Enterobacteriaceae khác (Salmonella spp, Citrobacter spp)
. Streptococcus agalactiae (nhóm B)
. Listeria monocytogenes
Các lứa tuổi khác:
. Haemophilus influenzae type b (tác nhân thường gặp nhất gây viêm màng não mủ ở bệnh nhân 6 tháng - 2 tuổi, hiếm gặp > 5 tuổi)
. Neisseria meningitidis
. Streptococcus pneumoniae
. Mycobacterium tuberculosis
. Listeria monocytogenes, Cryptococcus neoformans (gặp ở người bị suy giảm miễn dịch)
. Staphylococci (gặp ở người chịu phẫu thuật sọ não hay sau dẫn lưu)

Bảo quản bệnh phẩm dịch não tủy:
- 5 - 10 ml dịch não tủy được lấy vào 2 tube vô trùng nắp chặt (có thể dùng tube vô trùng hay tube Eppendorf biopure) rồi gửi ngay đến phòng xét nghiệm, không chậm trễ.
Một tube xét nghiệm vi khuẩn học và tube còn lại xét nghiệm sinh hóa tế bào.
- có thể cấy ngay tại giường với chai 2 mặt thạch với dịch não tủy và các dịch không tạp nhiễm

2. máu và tủy xương
- cấy máu sớm ngay khi mới mắc bệnh => dương tính sẽ cao. Vi khuẩn ở máu sẽ mất đi nhanh chóng sau khi điều trị kháng sinh. Điều trị kháng sinh lần đầu cho kết quả cấy máu dương tính ít hơn cấy tủy xương
- tuần đầu cấy máu cho kết quả (+) 90%, tuần thứ hai 75%, tuần thứ ba 40% và tuần thứ tư 10%
- môi trường cấy máu tốt nhất là canh thang BHI (Brain Heart Infusion Broth)

Vi sinh vật gây bệnh trong máu:
Gram (-):
Escherichia Coli
Klebsiella spp.
Enterobacter spp.
Proteus spp.
Samonella typhi
Samonella (ngoài S. typhi)
Pseudomonas aeruginosa
Neisseria meningitidis
Haemophilus influenzae
Bacteroides fragilis
Brucella spp
Pseudomonas pseudomallei

Gram (+) và nấm men:
Staphylococcus aureus
S. epidermidis
S. pyogenes (nhãm A)
S. agalactiae (nhãm B)
Streptococci tan máu alpha (viridans)
Streptococcus pneumoniae
E. faecalis (nhóm D)
Listeria monocytogenes
Clostridium perfringens
Peptococcus spp.
Peptostreptococcus spp.
Candida albicans và các nấm men khác

Vi sinh vật ngoại nhiễm bệnh phẩm máu:
Từ da:
Staphylococcus epidermidis
Propionobacterium acnes
Diphtheroides
Từ môi trường xung quanh:
Clostridium spp
Acinetobacter spp
Bacillus spp

Bảo quản bệnh phẩm máu
+ Bình cấy máu thông thường:
- BHI, TSB hay Columbia broth, cho vi khuẩn hiếu khí
- để cấy kỵ khí, thêm vào môi trường các chất khử như Thioglycollate, L - cysteine
- để chống đông, tốt nhất là dùng sodium polyanethol sulfonate (SPS), nếu không có thì dùng citrate hay heparin
+ bình cấy máu một phase/ hai phase
+ mang ngay đến phòng xét nghiệm vi sinh

Vãng khuẩn huyết: đề cập đến sự hiện diện vi khuẩn trong dòng máu và không gợi ý gì về tình trạng lâm sàng của bệnh.
Vãng khuẩn huyết không có ý nghĩa lâm sàng, thoáng qua và xuất hiện tương đối hằng hày, ví dụ: sau khi đại tiện hoặc trong khi đánh răng và thường không có hậu quả lâm sàng.
Nhiễm khuẩn huyết: đề cập đến sự hiện diện của vi khuẩn trong máu đi kèm với hậu quả lâm sàng, như sốt cao, rét run và huyết áp thấp. có một số lượng lớn vi khuẩn nhân lên trong máu, trong đó có nhiều khả năng gây bệnh.
Sau này, thuật ngữ vãng khuẩn huyết và nhiễm khuẩn huyết được thay bằng thuật ngữ "nhiễm trùng máu" (bloodstream infection - BSI)
Nhiễm trùng huyết được định nghĩa là rối loạn chức năng cơ quan đe dọa tính mạng gây ra bởi phản ứng của cơ thể không kiểm soát với nhiễm trùng.

Chỉ định lâm sàng cho cấy máu:
+ các đặc điểm lâm sàng của nhiễm trùng huyết gồm nhịp tim nhanh, nhịp thở nhanh, nhiệt độ tăng hoặc dưới nhiệt độ bình thường và thay đổi chức năng cảm giác, hạ huyết áp hoặc kiệt sức
+ nghi ngờ viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn
+ sốt không rõ nguyên nhân
+ tăng hoặc giảm bạch cầu không rõ nguyên nhân
+ nhiễm trùng hệ thống hoặc tại chỗ gồm nghi ngờ viêm màng não, viêm tủy xương, viêm khớp nhiễm trùng, viêm phổi do vi khuẩn cấp tính chưa được điều trị hoặc nhiễm khuẩn khác có thể xảy ra
(!) cấy máu là một quy trình sàng lọc

Có rất ít vi khuẩn trong máu: 1 - 30 CFU/ml máu (ở trẻ em có thể cao hơn)
Độ nhạy của nhuộm Gram là 10^5 vi khuẩn/ml, độ nhạy của nhuộm acridine orange là 10^4 vi khuẩn/ml => không thể phát hiện ra
=> không quan sát dứi kính hiển vi, không cấy trực tiếp trên đĩa thạch
=> cần phải tăng sinh vi khuẩn: nuôi cấy trong canh thang giàu dinh dưỡng cho phép sự phát triển của hầu hết các vi khuẩn khó mọc
=> cấy máu

Thể tích máu dùng cho cấy máu:
So với thể tích 10 ml:
- 20 ml tăng khả năng phát hiện 30%
- 30 ml tăng khả năng phát hiện 47%
- 40 ml tăng khả năng phát hiện 54%
Khuyến cáo lấy 30 - 40 ml máu ở người lớn

Khuyến cáo: 2 - 3 bộ cấy máu (2 chai/bộ) phải được thực hiện trong khoảng thời gian ngắn (ví dụ: trong vòng 1 giờ)
Lấy máu trong khoảng thời gian đều nhau, chẳng hạn 1-2 giờ, chỉ được khuyến cáo ở những bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết/ nhiễm nấm huyết mà nghi ngờ có viêm màng trong tim hoặc viêm nội tâm mạc mạch (ví dụ: liên quan đến catheter)

Các khuyến cáo cấy máu:
- cấy máu trước khi thực hiện điều trị kháng sinh
- các bộ cấy máu riêng biệt, đây là chìa khóa để phát hiện tạp nhiễm
- áp dụng các biện pháp phòng ngừa chuẩn khi lấy máu ở tại giường bệnh và trong phòng xét nghiệm
- ghi nhãn chai cấy máu với thông tin nhận dạng thích hợp và thời gian thu thập
- cấy vào chai hiếu khí trước khi sử dụng bộ kim bướm lấy máu, cấy vào chai kỵ khí trước khi sử dụng kim và xi lanh
- lưu ý trong báo cáo của phòng xét nghiệm nếu thể tích máu không đủ cấy vào chai môi trường cấy máu.
- chuyển các chai đã cấy mái trong vòng 2 giờ đến khoa xét nghiệm để đưa vào máy ủ và theo dõi sự phát triển

Lấy máu:
- ưu tiên dùng bộ kim bướm lấy máu thay vì kim và xi lanh => an toàn sinh học
- ưu tiên lấy máu tĩnh mạch hơn là các thiết bị xâm nhập
- 2 - 3 bộ (với 10 ml/chai) mỗi đợt bệnh (người lớn) trong khoảng thời gian ngắn (1 giờ)

Quy trình vô trùng (chuẩn bị da, chai môi trường...) sử dụng một kỹ thuật vô trùng hiệu quả đã được công nhận:
- bề mặt da bệnh nhân, chai môi trường cấy máu và tay của nhân viên y tế là nguồn tạp nhiễm chính
- đào tạo nhân viên => là điều thiết yếu của việc lấy máu thành công

Chai người lớn 10 ml, chai trẻ em 4 ml

Nếu cần lấy máu để làm các xét nghiệm khác, phải lấy máu vào chai cấy máu trước, gắn ống tuýp vào nắp adapter trước khi lấy máu cho các xét nghiệm khác.

3. đờm
Các vi khuẩn thường trú:
Staphylococci coagulase (-)
Streptococci α, ß, γ
Trực khuẩn Gram (+) có nha bào (Bacillus)
Trực khuẩn Gram (+) không nha bào
(Corynebacterium)
Neisseria không gây bệnh
Stomatococci
Micrococci
Trực khuẩn Gram (-)
Candida spp.

vi sinh vật gây bệnh gặp ở đờm:
Thường gặp
Streptococcus pyogenes
Staphylococcus aureus
Moraxella catarrhalis
Haemophilus influenzae
Streptococcus pneumoniae
Klebsiella pneumoniae
Ít gặp hơn
Enterobacteriaceae
Pseudomonas và các TK không lên men
Streptococci
Clostridium perfringens
Bacteroides và các vi khuẩn kỵ khí khác
Rất hiếm gặp
Bacillus anthracis
M. tuberculosis
M. ulcerans
Pasteurella multocida

Bảo quản bệnh phẩm đờm:
- tốt nhất gửi ngay đến labo vi sinh
- bảo quản trong tủ lạnh không quá 2 giờ

4. dịch ngoáy họng
Các vi sinh vật thường trú: hơn 100 loài hiếu và kỵ khí
Các vi khuẩn gây bệnh thường gặp:
Bạch hầu (Corynebacterium diphtheria)
Liên cầu nhóm A (Streptococcus pyogenes)
Tụ cầu vàng (Staphylococcus aureus)
Các vi khuẩn họ đường ruột (Enterobacteriaceae)
Não mô cầu (Neisseria meningitidis)
Haemophilus influenzae
Trực khuẩn mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa)

Bảo quản bệnh phẩm dịch ngoáy họng:
- cho tăm bông vào tube nắp chặt vô trùng rồi gửi ngay đến phòng xét nghiệm
- nếu chậm hơn 4 giờ, cho tăm bông vào môi trường chuyên chở Stuart Amies

5. dịch mũi, xoang, tai, mắt

Viêm xoang, mũi cấp tính và mạn tính:
S. pneumoniae,
H. influenzae,
M. catarrhalis,
Các Streptococci tan huyết beta,
S. aureus,
Klebsiella và họ Enterobacteriaceae,
Vi khuẩn kỵ khí (Bacteroides và các vi khuẩn khác).

Viêm tai giữa cấp:
S. pneumoniae và các Streptococci khác,
M. catarrhalis,
H. influenzae.

viêm tai giữa mạn tính
P.aeruginosa,
Proteus spp.,
Các vi khuẩn kỵ khí,
Các vi khuẩn khác: hiếm gặp.

Trường hợp viêm kết mạc mắt cấp tính hay mạn
Haemophilus spp.
Moraxella spp.
N. gonorrhoeae
S. aureus
S. pneumoniae
S. pyogenes
P. aeruginosa
Các vi khuẩn khác: hiếm gặp

Bảo quản bệnh phẩm ở tai, mắt, mũi, xoang:
- mủ lấy xong (tăm bông hoặc vào tube) nếu không có môi trường vận chuyển => gửi cấy ngay
- tăm bông thấm mủ hoặc cho mủ vào môi trường Stuart - Amies

6. bệnh phẩm mủ
Thường gặp
Streptococcus pyogenes,
Staphylococcus aureus,
Ít gặp hơn
Các trực khuẩn Enterobacteriaceae,
Pseudomonas và các TK Gram (-) không lên men
Streptococci
Clostridium perfringens,
Bacteroides và vi khuẩn kị khí khác
Rất hiếm gặp
Bacillus anthracis,
M. tuberculosis,
M. ulcerans,
Pasteurella multocida

7. phân
Vi sinh vật gây bệnh gặp ở phân:
Các vi khuẩn chắc chắn gây bệnh:
Salmonella, Shigella, E. coli gây tiêuu chảy (ETEC, EPEC, EIEC, VETEC, EAEC), S. aureus (có enterotoxin),
V. cholerae và các Vibrio khác Campylobacter spp (jejuni)
Yersinia spp (enterocolitica)
Clostridium difficile (có toxin).
Có thể gây bệnh: Plesiomonas, Aeromonas.
Có thể gây bệnh nếu chiếm đa số do bị loạn khuẩn.

Bảo quản, vận chuyển bệnh phẩm phân:
Có thể lấy phân tươi, tốt nhất là vùng nhầy máu, cho vào lọ sạch, rộng miệng, nắp vặn chặt có gắn mái chèo (dùng lọ lấy mẫu phân không F2M), gửi đến phòng thí nghiệm. Phân tươi phải được cấy trong vòng không quá 2 giờ sau khi lấy mẫu.

Lấy phân sớm, khi chưa dùng kháng sinh, 10 gram
+ lấy khi bệnh nhân đi ra ngoài: quan sát được tính chất phân, lấy đủ số lượng, không gây khó chịu nhưng bị động, dễ nhiễm, vi khuẩn xâm nhập
+ lấy từ trong trực tràng: chủ động, không nhiễm, vi khuẩn xâm nhập, nhưng không quan sát được phân, lượng ít, gây bất tiện

- có thể dùng tăm bông nhúng vào phân, vùng nhầy máu, cho vào môi trường chuyên chở Cary - Blair rồi gửi đến phòng thí nghiệm. môi trường này có thể giữ mẫu phân trong hơn 48 giờ. Tuy nhiên phải tiến hành cấy càng sớm càng tốt.
- trong trường hợp nghi bệnh nhân bị tả có thể cho tăm bông lấy phân vào ống môi trường peptone kiềm để vừa tăng sinh, vừa chuyên chở đến phòng xét nghiệm.

Có thể lấy mẫu phân bằng tăm bông ngoáy trực tràng rồi cho vào môi trường Cary - Blair để gửi ngay đến phòng xét nghiệm.
Có thể không dùng môi trường chuyên chở nếu tăm bông lấy phân được nuôi cấy trong vòng 30 phút sau khi lấy mẫu.

8. dịch đường sinh dục, tiết niệu
Các vi sinh vật gây bệnh:
Vi khuẩn
Neisseria gonorrhoeae.
Liên cầu nhóm B.
Liên cầu nhóm D.
Gardnerella vaginalis.
Haemophilus ducreyi
Staphylococcus aureus
Enterococci
Enterobacteriaceae
Pseudomonas
Chlamydia trachomatis
Mycoplasma hominus
Treponema pallidum
Nấm
Candida albicans
Các loài nấm men khác
Thường gặp
N. gonorrhoeae,
Treponema pallidum (soi tươi).
Ít gặp
H. ducreyi,
Gardnerella vaginalis (nhộm Gram),
Candida albicans (nhuộm Gram),
Trichomonas vaginalis (soi tươi).
Rất hiếm gặp
Chlamydia trachomatis

9. nước tiểu
- nước tiểu nên được lấy vào các lọ vô trùng đậy nắp chặt (lọ vô trùng lấy mẫu)
- tốt nhất là các lọ miệng rộng, hay các ống nghiệm ly tâm nắp chặt. có thể lấy nước tiểu và cấy ngay tại giường vào chai cấy 2 mặt thạch cấy và định lượng nước tiểu.

- nước tiểu sau khi lấy xong phải được gửi đến phòng xét nghiệm ngay
- nếu chậm trễ, có thể giữ trong tủ lạnh 4 oC, nhưng không quá 4 giờ
- nước tiểu phải được lấy bằng phương pháp vô trùng, tránh tối đa sự nhiễm bẩn từ cơ quan sinh dục ngoài

* bảo quản mủ và chất dịch
Cho mủ hay chất dịch vào lọ lấy bệnh phẩm vô trùng (nắp vặn) hay tube Eppendorf biopure (tinh sạch sinh học) hay để nguyên uống kim hút mủ, rồi gửi ngay đến phòng thí nghiệm để yêu cầu cấy ngay. Có thể tẩm mủ vào tăm bông rồi cho vào môi trường chuyên chở Stuart - Amies (dùng bộ môi trường và tăm bông làm sẵn Stuart - Amies)

===============
Xét nghiệm VS sử dụng kỹ thuật nuôi cấy, phân lập, xác định
====================
Kháng sinh đồ là kỹ thuật xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn đối với kháng sinh

mục đích của kháng sinh đồ:
. Giúp bác sỹ lâm sàng lựa chọn kháng sinh thích hợp
. Định hướng cho bác sỹ lâm sàng lựa chọn kháng sinh theo kinh nghiệm khi chưa có kết quả kháng sinh đồ.
. Xu hướng nhạy cảm, đề kháng kháng sinh tại từng khu vực và giai đoạn.

một số khái niệm
. Nhạy cảm (Susceptible – S):
Chủng vi khuẩn bị ức chế bởi nồng độ kháng sinh có thể đạt được ở mô nhiễm trùng khi dùng liều điều trị được khuyến cáo. (Liều điều trị thành công)
. Đề kháng (Resistant – R)
Chủng vi khuẩn không bị ức chế bởi nồng độ kháng sinh có thể đạt được với liều được khuyến cáo (Liều điều trị thất bại)
. Trung gian (Intermediate - I)
Hiệu quả điều trị không chắc chắn.

khoanh giấy kháng sinh khuếch tán (disc diffusion test)
kháng sinh pha loãng (dilution test)